Durante el primer año, los participantes del Master en Economía descubren el salto cualitativo entre los cursos de grado y los de postgrado, a través de cursos especializados en áreas fundamentales como microeconomía, macroeconomía y econometría.
Luego de cumplir con los requisitos curriculares centrales, en el segundo año los estudiantes se introducen en el trabajo aplicado bajo la dirección de un tutor nacional y con respaldo de un tutor no residente. Esta segunda parte del Master está dedicado al desarrollo de proyectos de investigación en las áreas de interés de los alumnos.
En estos años los intereses de los estudiantes y por ende sus proyectos de investigación han abarcado un amplio espectro. Algunos estudiantes se volcaron mayormente al trabajo en teoría aplicada, otros han hecho evaluación de políticas y programas de gobierno, otros han desarrollado investigación en temas cercanos a otras ciencias sociales.
Dentro de quienes han trabajado en teoría aplicada destaca un estudio sobre las estrategias óptimas de las firmas de difusión de productos en redes de consumidores y un trabajo sobre modelos de negociación salarial. El programa Tekoporá es un programa de transferencias de ingresos condicionados de Paraguay. Este programa fue evaluado por otro estudiante.
En la misma generación de este último estudiante hubo compañeros que se volcaron por enfocarse en el impacto del tipo de cambio real bilateral en el comercio del Paraguay y la relación entre el comercio internacional y el crecimiento.
Finalmente, enfoques generacionales al problema de la distribución del ingreso, determinantes regionales de la educación en Uruguay o una visión internacional de diferenciales de felicidad entre hombres y mujeres también han formado parte de los temas de trabajo.